S01: Юрий Брагин после годовой командировки, где он в составе следственной группы занимался расследованием некоего громкого дела, возвращается в Санкт-Петербург. Вернувшись, он узнаёт, что нынешний руководитель Первого следственного отдела Первого управления ГСУ Вадим Мальцев выходит на пенсию. С большой долей вероятности именно Брагину предложат его место. Но Юрий не карьерист и место начальника – не цель его жизни. Талантливый следователь больше любит заниматься «живой работой». И вот его снова отправляют в командировку. На этот раз в один из городов Ленинградской области, где с разницей в неделю были убиты две девушки. Здесь, в небольшом городке, все друг друга знают, а это осложняет розыск преступника.
S02: Прошло уже около полугода с тех пор, как Юрий Брагин начал служить в Москве. Внезапно ему начинают поступать угрозы, а за ними следует покушение на его жизнь. После этого Юрия переводят в первый отдел Второго следственного управления Главного следственного управления СК России. Так Брагин возвращается в Санкт-Петербург. Тем временем в Северной столице Михаил Шибанов также получает перевод и возможность проявить себя на новом месте. Коллеги из УФСИН просят о помощи: в Санкт-Петербурге продолжается розыск Игоря Кармухина — особо опасного преступника, сбежавшего во время пожара из психиатрического стационара закрытого типа…
S03: Старший следователь по особо важным делам, полковник юстиции Юрий Брагин, продолжает нести службу в первом отделе Второго следственного управления СК России. Опытному следаку, как и прежде, приходится расследовать самые сложные и запутанные дела по всему Северо-Западному региону. В это же время жена героя Вера Брагина решает сложить с себя полномочия судьи и сдаёт экзамен на адвоката. Это приводит к конфликту в семье. Юрий, большую часть своей жизни расследовавший преступления и отправлявший преступников за решётку, не понимает жену, которая теперь защищает мошенников и убийц. Резко меняется и жизнь Миши Шибанова, в новом сезоне опер уголовного розыска встречает «любовь всей своей жизни», успешную предпринимательницу Ольгу. Молодой человек начинает ценить семейный уют и даже подумывает об увольнении из полиции. Однако Шибанов ещё не знает, что расследование обстоятельств гибели криминального авторитета Сергея Радулова по прозвищу Радуга, приведёт к непредсказуемым последствиям. Честному полицейскому предстоит сделать нелёгкий выбор между личной жизнью и служебным долгом.
S04: Полковник юстиции Юрий Брагин отстранён от службы: коллеги подозревают, что он пытался помочь своему другу, оперативнику уголовного розыска Михаилу Шибанову избежать задержания и ареста. В отношении Брагина проводится служебная проверка, по итогу которой может быть принято решение о возбуждении уголовного дела. Сам Шибанов содержится в СИЗО, суд арестовал его на два месяца. Полковник Ухватов намерен доказать, что Шибанов не только превысил должностные полномочия, но и являлся активным участником преступной группы, осуществлявшей транзит крупной партии латиноамериканских наркотиков через территорию России в Евросоюз.
S05: В финале четвёртого сезона давний недруг Брагина Гаспаров обвиняет Веру Брагину в преступлении 20-летней давности и отправляет под стражу. В новых сериях уголовное дело в отношении супруги главного героя прекращается, однако личность убийцы по-прежнему не установлена, поэтому расследование продолжается. Тем временем Брагин решает вернуться к работе и намерен восстановиться в прежней должности в Следственном Комитете России, вот только его место уже занято. В результате Брагин становится обычным следователем в одном из районов Петербурга, где ему, в частности, предстоит заниматься расследованием преступлений прошлых лет. На новом месте службы главный герой узнаёт, что коллега, который занимал эту должность до него, не уволился, как полагал Брагин, а бесследно исчез. В какой-то момент Брагин понимает, что исчезновение следователя как-то связано с одним из тех дел, которыми он теперь занимается. Вот только как?